任何生物都不可能在真空里存活,这是定律,所以只要把大厅里的空气全部抽去,让大厅变成真空,那么这五只怪鸟就会很快变成五只死物,那样一来,这只飞船里面才算是真正的安全了。某日,小新(矢岛晶子 配音)在街上遇见了一只黑色的小狗,因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像,小新将它取名“小黑”,带回了家。之后,一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前,普莉林告诉小新,他是被选中的勇者,黑暗世界库莱顿的大门已经打开,若小新再不行动,整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。
果不其然,美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)接连遭遇不幸,这说明,黑暗的力量变得越来越强大,少年麻达的到来给小新带来了新的希望,他的职责,就是保护勇者小新的安全。在麻达的鼓励和帮助之下,小新拿起了武器走上了战场,他所要面对的不仅仅是层出不穷的敌人,还有强大而且邪恶的幕后黑手。